元首府（此时兼梁国公府）为最高权力中枢，因为“府”这一级被元首用了，所以州府并列的行政区域里面取消“府”，“道”下面只有“州”，如东平府和东昌府改为东平州和东昌州，至于登州、青州，本身就是州，只称呼为青州、登州即可，没必要在州后面再加州。不过平常人家的府邸用姓加府，如“卢府”，则不在禁止范围内。
元首府原本下辖六部二处一署，即军机部、政治部、组织部、后勤部、装备部、建设部，参谋处、书记处和廉政公署，后来发现这个划分太简单、太笼统、又有些混乱，跟宋朝等诸多封建朝代的三省六部的划分方法一样糟糕，便决定在对外战争爆发之前先定好编制，分配好人手，不至于出现机构少、杂事多、百姓或士卒跑断腿都找不到合适的部门为自己处理问题的情况，也不希望出现各个部门互相推诿扯皮的情况。从政和六年开始构思和慢慢推行，到政和七年元月，便将新的军政结构编制推行到了卢俊义所有占领的区域。
新的编制下，元首府仍为最高权力中枢，下辖二院四署二处，二院为军务院和政务院，四署为廉政公署、情报总署、宗教事务署、党派事务署，二处为秘书处和侍卫处。
军务院为元首府指挥下的最高军事领导机构，是将赵宋朝廷的兵部和枢密院并轨在一起，军务院的统领称为“首督”，全称是“都督之首”，现由元首卢俊义兼任。
新编制下的军务院辖有总作战部、总参军部、总后勤部、总装备部、总建设部和军校。
总作战部，负责禁卫军、警卫军和民兵的编制、训练和作战，负责所有陆军、水军、海军、炮兵和其他兵种的编制、训练和作战，管理所有级别的军事将领，有卢俊义执掌。总作战部下辖作战部、禁卫部、警卫部、陆军部、水军部、海军部、火器部和军情部。作战部，负责组织实施战略、战役计划，指挥和实施各军种、战区的作战行动，由卢俊义执掌。禁卫部，负责禁卫部队的发展、训练和调度，有赛秦琼王进执掌。警卫部，负责警卫部队的发展、训练和调度，有飞天虎扈成执掌。陆军部，负责所有陆上军队的编制、训练和调度，有大刀关胜、双鞭呼延灼执掌，下辖骑兵司，负责所有骑兵的编制、训练和调度，有豹子头林冲、双枪将董平执掌；弓弩司，负责所有弓弩包括弩炮兵的编制、训练和调度，有花荣、项元镇执掌；长枪司，负责所有长枪兵的编制、训练和调度，由金枪将徐宁执掌。火器部，负责所有火枪和火炮兵的编制、训练和调动，由轰天雷凌振执掌。水军部，由李俊、刘梦龙负责所有河流湖泊上的水师的编制、训练和调动。海军部，由李俊和孙立负责所有海军的编制、训练和调动。情报总署在总作战部内设有一个分支机构，为军情部，由鼓上蚤时迁执掌，负责对敌方军事情报的搜集。很显然，总作战部跟后世的总参谋部类似，但似乎没有参谋们什么事情，乃是因为总作战部类似总决策，参谋却是在总参军部的编制里面。
总参军部，这迥然不同于后世那个总参谋部，像是总参谋部和总政治部的综合体，但远没有后世那么强悍。总参军部里天机先生许贯忠任总参军，神机军师朱武与入云龙公孙胜任副总参军。参军的职责除了参赞军机外，还负责发展复兴党组织和宣传复兴党的思想，还负责审核军功、纠察过错的军法职责。所以总参军部辖有军功部、军法部、组织部和宣传部。军功部，负责审核将士军功，确认将士的军衔和军职擢升幅度，由圣手书生萧让、玉臂匠金大坚执掌；军法部，负责普及宣传军法、审核将士罪过、执行军法、监督军纪和监控劳改，由铁面孔目裴宣、铁臂膊蔡福执掌；组织部，在军中发展复兴党组织和配合军功部、军法部，完成对将士们军衔和军职的擢升；宣传部则由铁笛仙马麟、铁叫子乐执掌，向卢俊义负责，受卢俊义指导，负责军队对内、对外、对民的三重宣传。
总后勤部，由神算子蒋敬执掌，辖有财务部、军粮部、军屯部、军牧部、军服部、军医部、船舶部等，同时还辖有十多个大型物资生产供应的工场。在连级设立军需官来掌管粮饷和其他物资，发放粮饷时，所有士兵都在场，由军需官、参军和连长一起发放。财务部由蒋敬执掌，除了负责军中物资供应费用的统计，还掌管、统计所有粮饷的支入支出，跟政务院财政部密切合作。军粮部负责联系地方政府凑集军粮、牲畜养殖屠杀、炊事等，由扑天雕李应和操刀鬼曹正负责。军屯部负责警卫军和禁卫军的屯田，由陶宗旺的兄长陶宗兴负责。军牧部，负责马匹的采购、喂养、繁殖、治病，由紫髯伯皇甫端、金毛犬段景柱执掌。军服部，负责所有军服、棉被、军旗、帐篷等的设计制造供应，由通臂猿侯健执掌。船舶部，负责江河湖海上的大小船舶的设计制造，由玉幡竿孟康、叶春二人执掌，在密州、登州、海州、楚州等地兴建了多处大型船厂。军医部由神医安道全的弟子夏展执掌，负责宣传健康医疗知识、救治伤兵、防止瘟疫，从连级开始有医疗班之至到师级有野战医院，渐渐地战地医生、护士、医疗器械都开始齐全，不再完全仰仗中医。
总装备部，负责组织领导全军的武器装备建设，由卢俊智执掌。下面设有军事科技部，负责新武器盔甲的设计、攻城防御器械如弩炮的设计制造，由卢俊智执掌；常备部（常规装备部），负责制造供应常规兵器、弓箭、盔甲等，由金钱豹子汤隆执掌；火器部，负责火药、火炮、火枪等诸多热兵器的制造，由轰天雷凌振执掌；军事矿产部，负责开采铁、煤和石油。这个总装备部将后世的总装备部和国防科工委都囊括进去了。
总建设部，辖有城垣部、工事部、营房部、军用交通部，有青眼虎李云和九尾龟陶宗旺负责，辖有浩大的工兵和建筑兵队伍，都是从警卫军中征调的，全面负责所有军民设施的建设，使得卢俊义势力内的每一栋建筑都能为军事目的做出贡献。等于后世总后勤部的一部分部门和国务院里建设部、铁道部、交通部的整合。
在泰山、鲁山、沂蒙山相继开办了梁山军校的分院，梁山军校虽名为军校，实际上却是军政两用人才的培养摇篮，基于对这个时代人才的失望，卢俊义决定自己培养军政人才。
根据军政分开的原则，政务院类同于后世的国务院，因为人才不足和时代局限，机构要简化很多，但比起这个时代的三省六部还是要健全不少。
政务院的领导人称为“首相”，首任首相为张叔夜。政务院下辖有总外交部、总农业部、总工业部、总商业部、总文化部、总保障部、总财政部、总教育部、总人事部、总专卖部。
总外交部辖有外交部、统战部，由燕青执掌。总农业部辖有农业部、民屯部、水利部、林业部、牧业部、粮食总局、国土资源部，暂由侯蒙执掌，后来农学家陈旉前来执掌。总工业部将后世的工业部、矿业部、环保总局、质检总局、食品药品监管局、安全监管总局等杂糅在一起，暂时有卢俊孝执掌。总商贸部辖有工商总局、商务部、市舶司（海关总署），暂由卢俊游执掌。总文化部辖有文化部、宣传部、出版总局、体育总局、知识产权局、旅游局、文物局等部门，暂时也有燕青执掌。总保障部辖有民政部、卫生部、中医药局、邮政局、人口促生委、劳动保障部等部门，由张叔夜执掌。总财政部辖有财政部、统计局、钱币局、仁义钱庄（同人民银行）、税务总局、审计署，暂由蒋敬担任。总教育部则杂糅了教育部、中科院、社科院、工程院、发展研究中心、科技部、地震局、气象局、测绘局、自然科学基金会、信息产业部等后世部门，暂由宗泽执掌，后来找到沈括后人执掌。总人事部包括人事部、监察部、组织部等部门，暂有张叔夜执掌。总专卖部负责对盐、茶、酒的专卖（日后还有烟草）和金银铜矿的开采，暂由卢俊信执掌。最后还有一个总司法部，负责法律的制定、案件的审理核查、监狱，将后世的司法部、法院和检察院都同归在一起，由裴宣、杨雄等执掌。
廉政公署依然有周侗执掌，对所有官员和将领都有调查之权，公署内辖有信访局。
之所以将军情部提高到总署的级别，乃是卢俊义上次被鬼脸儿杜兴出卖后特设的，情报不仅仅要对敌人和其他盟友势力，更要对准内部，一百个胜利有时候也抵不过背后的一刀。升级后的情报总署是后世国安部、档案局、保密局、锦衣卫的杂糅，是中央情报局和联邦调查局的融合，总署内三个领导三个方向，石秀调查内部，时迁调查敌人，而王定六调查盟友。
宗教事务署和党派事务署其实是将玄教和复兴党提高到军政同等高度，便于发展玄教和复兴党去挤压其他教派和党派。
秘书处只是记述卢俊义的命令和转呈下面的情报文书，由李师师和钱燕儿担纲。
侍卫处是自从上次被伏击事件一来特地增加的，由武松带四百名高手日夜保护元首府。(未完待续，如欲知后事如何，请登陆<a href=<a href="http://" target="_blank">http://</a> target=_blank></a>，章节更多，支持作者，支持正版阅读！)